Самец крупнее самки, отличается более мощным сложением, широкой шеей, массивной головой, хвост у основания более толстый с рядом преанальных пор (ряд желтовато-коричневых маленьких точек на чешуйках между задними лапами) и выпуклостями за клоакой. Определить достоверно пол эублефара можно около полугода.
Пол эублефаров напрямую зависит от температуры во время инкубации яиц, что позволяет с большой вероятностью получать потомство необходимого пола. У новорожденных эублефаров можно попытаться сразу определить пол по методу Роба Вагнера. Он предлагает взять очень мощный фонарик, лучше светодиодный и просветить им зону клоаки. Животное должно быть расслабленным, тогда на просвет будут видны красные линии артерий гемипенисов самцов, а у самок их нет.
Половозрелость обычно наступает в возрасте от 9 месяцев, но бывает и раньше, а бывает и позже. К размножению следует допускать самок весом
не менее 45 грамм. Если беременность у самки наступит раньше, чем она сформировалась полностью, то это может привести к гибели, задержке или остановке ее физического развития.